L’Alto Atlante si erge dall’Oceano Atlantico a ovest e si estende a est fino al confine tra Marocco e Algeria. La catena si abbassa bruscamente nell’Atlantico e a sud-ovest, creando una spettacolare transizione verso la costa e la catena dell’Anti-Atlante. La catena scende più gradualmente verso nord, in direzione di Marrakech.

Il Jbel Toubkal, il punto più alto della catena con i suoi 4.167 metri, si trova nel Parco Nazionale di Toubkal. La catena separa il Sahara dalle zone mediterranee e continentali a nord e a ovest e funge da barriera meteorologica in Marocco. La neve cade frequentemente alle alte quote del massiccio, consentendo di praticare sport invernali. Nell’Alto Atlante, la neve può essere presente sui versanti settentrionali della catena fino a primavera inoltrata. Oukameden, una delle tre principali stazioni sciistiche del Marocco, si trova nell’Alto Atlante occidentale.

I bacini di diversi sistemi fluviali sono formati dall’Alto Atlante. La maggior parte dei fiumi che scorrono tutto l’anno scorre verso nord, fornendo una base per le comunità. Nei deserti a sud e negli altopiani a est delle montagne, una serie di wadi e fiumi stagionali terminano.