L’Alto Atlante si estende dall’Oceano Atlantico a ovest fino al confine marocchino-algerino a est. La catena scende drasticamente verso l’Atlantico e il sud-ovest, creando una drammatica transizione verso la costa e la catena dell’Anti-Atlante. A nord, in direzione di Marrakech, la montagna scende più gradualmente.

Il Parco Nazionale di Toubkal ospita il Jbel Toubkal, la vetta più alta della catena con i suoi 4.167 metri. La catena funge da barriera meteorologica in Marocco, separando il Sahara dal Mediterraneo e dalle zone continentali a nord e a ovest. Gli sport invernali sono possibili perché la neve cade frequentemente alle quote più alte del massiccio. Sulle pendici settentrionali dell’Alto Atlante la neve è presente fino a primavera inoltrata. L’Alto Atlante occidentale ospita Oukameden, una delle tre importanti stazioni sciistiche del Marocco.

L’Alto Atlante forma i bacini di diversi sistemi fluviali. La maggior parte dei fiumi che scorrono tutto l’anno scorre verso nord, sostenendo le città. Numerosi wadi e fiumi stagionali terminano nei deserti a sud e negli altopiani a est dell’altopiano.